Life Tech生命大挑战最新一轮基准数据

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        Life Technologies公司近日发布了生命大挑战(Life Grand Challenges)竞赛新一轮的基准数据，参与者须推动Ion PGM测序仪三方面的性能改善，包括样品制备、碱基产量和准确性。同时宣布其Ion社区的会员数在过去三个月内激增3倍，达到5000名。

        2010年底，Life Technologies在推出Ion PGM 测序仪时，曾推出了三项生命大挑战竞赛。这三项竞赛与Ion半导体测序有关，分别是1)产生两倍的序列数据，2)快两倍，3)准确性达两倍。每一项竞赛的奖金高达100万美元。

        而2012年最新的大挑战大肠杆菌数据集展示出241 bp的平均读长，它使用Ion 318芯片，产生了1.27 Gb的数据。所有参与者必须使用Ion 318芯片，它的数据产量是最初Ion 314芯片的100倍以上。

        为了赢得挑战，参与者必须达到或超过以下基准数据：

        •可扩展性：必须测得2.54 Gb，达到1.27 Gb的两倍

        •速度：样品制备必须从目前的6小时缩短至4小时

        •准确性：准确率必须从2011年的99%提高到99.5%，或每200个碱基中有一个错误

        悉尼大学的Monkol Lek认为：“我相信准确性挑战是可以实现的，因为它只需要一台计算机和一个想法。Life Technologies通过Ion社区慷慨地提供了丰富的资源，包括数据集、源代码和分析工具。Torrent Suite软件的改善已证明能改善准确性。”

        自Ion Torrent去年9月30日在社区发布测序步骤、分析软件及数据组以来，会员人数大幅增长。Ion社区是Ion Torrent用户和开发者的在线开放获取资源，成立于去年3月，当时一周就吸纳了150名新用户，到2012年，会员人数有望达到10000名。社区会员要么是Ion PGM测序仪的用户，他们希望学习有关系统的更多东西，要么是致力于新应用的开发者。

        Ion Torrent的创始人和CEO Jonathan M. Rothberg博士表示，Ion社区的惊人增长凸显了科学界对开放获取平台以及参与平台开发的巨大需求。分享信息将加速Ion半导体测序技术的开发，且必然会带动医学、能源和农业等领域的突破。

        Life Technologies的第四项大挑战与SOLiD测序相关。科学家若能利用5500系列SOLiD测序仪对来自单个癌细胞的基因组及所有RNA内容进行测序，就能获得这100万美元的奖金。生命大挑战总共有7项，奖金总额为700万美元。这些竞赛的目标是发现更大的机会，同时加速生命科学界的创新。目前还有三项挑战尚未公布，请密切留意接下来的报道。